まず、協議離婚であれば離婚原因は夫婦双方の自由です。

合意すれば何も問題はありません。

調停や裁判になった場合、家庭内別居状態により夫婦関係が破綻し、婚姻を継続しがたい重大な事由に該当すると認められる可能性はあります。

そのためには、家庭内別居の期間、その間に精神的交流があったか、生計の維持はどのようになされたか等を立証する必要があるでしょう。